nyc: At least one file missing from coverage...

Link to bug demonstration repository.

Right now I don’t have a git with my code, it’s not quite ready yet…

Expected Behavior

I get all the .js files covered in the output.

Observed Behavior

One of my files is missing in one folder (I did not check each folder… specifically, the file I was most working on disappeared)

Forensic Information

Operating System: Ubuntu 16.04

Non-Working Environment Information:

With the “Working Environment Information” plus the latest babel-plugin-istanbul, is when I started experiencing the issue. The line numbers for errors was fixed, but the otherwise working coverage started seeing files go missing.

This is probably the same problem as experienced by others (see #476 and #686). Removing the babel plugin and all the node_modules, coverage, package-lock.json and reinstalling with npm install fixed the problem. Keeping babel around and it continues to fail.

My .babelrc file:

{
  "env": {
    "test": {
      "plugins": [ "istanbul" ]
    }
  }
}

My extra nyc setup:

  "nyc": {
    "sourceMap": false,
    "instrument": false
   }

That’s it. I did not notice right away, but at some point one of the files was out of date. I delete the coverage folder and it did not come back…

Working Environment Information:

With the following I never had any problem.

v10.15.0
6.6.0
rest-architect-server@0.1.0 /home/snapwebsites/private/rest-architect/server
├── js-string-to-object@1.0.0 -> /home/snapwebsites/private/rest-architect/server/lib/js-string-to-object
├─┬ mocha@5.2.0
│ ├── browser-stdout@1.3.1
│ ├── commander@2.15.1
│ ├─┬ debug@3.1.0
│ │ └── ms@2.0.0
│ ├── diff@3.5.0
│ ├── escape-string-regexp@1.0.5
│ ├─┬ glob@7.1.2
│ │ ├── fs.realpath@1.0.0
│ │ ├─┬ inflight@1.0.6
│ │ │ ├── once@1.4.0 deduped
│ │ │ └── wrappy@1.0.2
│ │ ├── inherits@2.0.3
│ │ ├── minimatch@3.0.4 deduped
│ │ ├─┬ once@1.4.0
│ │ │ └── wrappy@1.0.2 deduped
│ │ └── path-is-absolute@1.0.1
│ ├── growl@1.10.5
│ ├── he@1.1.1
│ ├─┬ minimatch@3.0.4
│ │ └─┬ brace-expansion@1.1.11
│ │   ├── balanced-match@1.0.0
│ │   └── concat-map@0.0.1
│ ├─┬ mkdirp@0.5.1
│ │ └── minimist@0.0.8
│ └─┬ supports-color@5.4.0
│   └── has-flag@3.0.0
├─┬ nyc@13.1.0
│ ├── archy@1.0.0
│ ├── arrify@1.0.1
│ ├─┬ caching-transform@2.0.0
│ │ ├── make-dir@1.3.0 deduped
│ │ ├─┬ md5-hex@2.0.0
│ │ │ └── md5-o-matic@0.1.1
│ │ ├─┬ package-hash@2.0.0
│ │ │ ├── graceful-fs@4.1.11
│ │ │ ├── lodash.flattendeep@4.4.0
│ │ │ ├── md5-hex@2.0.0 deduped
│ │ │ └─┬ release-zalgo@1.0.0
│ │ │   └── es6-error@4.1.1
│ │ └─┬ write-file-atomic@2.3.0
│ │   ├── graceful-fs@4.1.11 deduped
│ │   ├── imurmurhash@0.1.4
│ │   └── signal-exit@3.0.2 deduped
│ ├─┬ convert-source-map@1.6.0
│ │ └── safe-buffer@5.1.2
│ ├── debug-log@1.0.1
│ ├─┬ find-cache-dir@2.0.0
│ │ ├── commondir@1.0.1
│ │ ├── make-dir@1.3.0 deduped
│ │ └─┬ pkg-dir@3.0.0
│ │   └── find-up@3.0.0 deduped
│ ├─┬ find-up@3.0.0
│ │ └─┬ locate-path@3.0.0
│ │   ├─┬ p-locate@3.0.0
│ │   │ └─┬ p-limit@2.0.0
│ │   │   └── p-try@2.0.0
│ │   └── path-exists@3.0.0
│ ├─┬ foreground-child@1.5.6
│ │ ├─┬ cross-spawn@4.0.2
│ │ │ ├─┬ lru-cache@4.1.3
│ │ │ │ ├── pseudomap@1.0.2
│ │ │ │ └── yallist@2.1.2
│ │ │ └── which@1.3.1 deduped
│ │ └── signal-exit@3.0.2 deduped
│ ├─┬ glob@7.1.3
│ │ ├── fs.realpath@1.0.0
│ │ ├─┬ inflight@1.0.6
│ │ │ ├── once@1.4.0 deduped
│ │ │ └── wrappy@1.0.2
│ │ ├── inherits@2.0.3
│ │ ├─┬ minimatch@3.0.4
│ │ │ └─┬ brace-expansion@1.1.11
│ │ │   ├── balanced-match@1.0.0
│ │ │   └── concat-map@0.0.1
│ │ ├─┬ once@1.4.0
│ │ │ └── wrappy@1.0.2 deduped
│ │ └── path-is-absolute@1.0.1
│ ├── istanbul-lib-coverage@2.0.1
│ ├─┬ istanbul-lib-hook@2.0.1
│ │ └─┬ append-transform@1.0.0
│ │   └─┬ default-require-extensions@2.0.0
│ │     └── strip-bom@3.0.0
│ ├─┬ istanbul-lib-instrument@3.0.0
│ │ ├─┬ @babel/generator@7.3.0
│ │ │ ├── @babel/types@7.3.0 deduped
│ │ │ ├── jsesc@2.5.2
│ │ │ ├── lodash@4.17.11 deduped
│ │ │ ├── source-map@0.5.7
│ │ │ └── trim-right@1.0.1
│ │ ├── @babel/parser@7.3.1
│ │ ├─┬ @babel/template@7.2.2
│ │ │ ├─┬ @babel/code-frame@7.0.0
│ │ │ │ └─┬ @babel/highlight@7.0.0
│ │ │ │   ├─┬ chalk@2.4.2
│ │ │ │   │ ├─┬ ansi-styles@3.2.1
│ │ │ │   │ │ └─┬ color-convert@1.9.3
│ │ │ │   │ │   └── color-name@1.1.3
│ │ │ │   │ ├── escape-string-regexp@1.0.5 deduped
│ │ │ │   │ └── supports-color@5.4.0 deduped
│ │ │ │   ├── esutils@2.0.2 deduped
│ │ │ │   └── js-tokens@4.0.0
│ │ │ ├── @babel/parser@7.3.1 deduped
│ │ │ └── @babel/types@7.3.0 deduped
│ │ ├─┬ @babel/traverse@7.2.3
│ │ │ ├── @babel/code-frame@7.0.0 deduped
│ │ │ ├── @babel/generator@7.3.0 deduped
│ │ │ ├─┬ @babel/helper-function-name@7.1.0
│ │ │ │ ├─┬ @babel/helper-get-function-arity@7.0.0
│ │ │ │ │ └── @babel/types@7.3.0 deduped
│ │ │ │ ├── @babel/template@7.2.2 deduped
│ │ │ │ └── @babel/types@7.3.0 deduped
│ │ │ ├─┬ @babel/helper-split-export-declaration@7.0.0
│ │ │ │ └── @babel/types@7.3.0 deduped
│ │ │ ├── @babel/parser@7.3.1 deduped
│ │ │ ├── @babel/types@7.3.0 deduped
│ │ │ ├─┬ debug@4.1.1
│ │ │ │ └── ms@2.1.1
│ │ │ ├── globals@11.10.0
│ │ │ └── lodash@4.17.11 deduped
│ │ ├─┬ @babel/types@7.3.0
│ │ │ ├── esutils@2.0.2
│ │ │ ├── lodash@4.17.11 deduped
│ │ │ └── to-fast-properties@2.0.0
│ │ ├── istanbul-lib-coverage@2.0.1
│ │ └── semver@5.6.0
│ ├─┬ istanbul-lib-report@2.0.2
│ │ ├── istanbul-lib-coverage@2.0.1 deduped
│ │ ├── make-dir@1.3.0 deduped
│ │ └─┬ supports-color@5.4.0
│ │   └── has-flag@3.0.0
│ ├─┬ istanbul-lib-source-maps@2.0.1
│ │ ├─┬ debug@3.1.0
│ │ │ └── ms@2.0.0
│ │ ├── istanbul-lib-coverage@2.0.1 deduped
│ │ ├── make-dir@1.3.0 deduped
│ │ ├── rimraf@2.6.2 deduped
│ │ └── source-map@0.6.1
│ ├─┬ istanbul-reports@2.0.1
│ │ └─┬ handlebars@4.0.11
│ │   ├── async@1.5.2
│ │   ├─┬ optimist@0.6.1
│ │   │ ├── minimist@0.0.10
│ │   │ └── wordwrap@0.0.3
│ │   ├─┬ source-map@0.4.4
│ │   │ └── amdefine@1.0.1
│ │   └─┬ uglify-js@2.8.29
│ │     ├── source-map@0.5.7
│ │     ├── uglify-to-browserify@1.0.2
│ │     └─┬ yargs@3.10.0
│ │       ├── camelcase@1.2.1
│ │       ├─┬ cliui@2.1.0
│ │       │ ├─┬ center-align@0.1.3
│ │       │ │ ├─┬ align-text@0.1.4
│ │       │ │ │ ├─┬ kind-of@3.2.2
│ │       │ │ │ │ └── is-buffer@1.1.6
│ │       │ │ │ ├── longest@1.0.1
│ │       │ │ │ └── repeat-string@1.6.1
│ │       │ │ └── lazy-cache@1.0.4
│ │       │ ├─┬ right-align@0.1.3
│ │       │ │ └── align-text@0.1.4 deduped
│ │       │ └── wordwrap@0.0.2
│ │       ├── decamelize@1.2.0 deduped
│ │       └── window-size@0.1.0
│ ├─┬ make-dir@1.3.0
│ │ └── pify@3.0.0
│ ├─┬ merge-source-map@1.1.0
│ │ └── source-map@0.6.1
│ ├── resolve-from@4.0.0
│ ├─┬ rimraf@2.6.2
│ │ └── glob@7.1.3 deduped
│ ├── signal-exit@3.0.2
│ ├─┬ spawn-wrap@1.4.2
│ │ ├── foreground-child@1.5.6 deduped
│ │ ├─┬ mkdirp@0.5.1
│ │ │ └── minimist@0.0.8
│ │ ├── os-homedir@1.0.2
│ │ ├── rimraf@2.6.2 deduped
│ │ ├── signal-exit@3.0.2 deduped
│ │ └─┬ which@1.3.1
│ │   └── isexe@2.0.0
│ ├─┬ test-exclude@5.0.0
│ │ ├── arrify@1.0.1 deduped
│ │ ├── minimatch@3.0.4 deduped
│ │ ├─┬ read-pkg-up@4.0.0
│ │ │ ├── find-up@3.0.0 deduped
│ │ │ └─┬ read-pkg@3.0.0
│ │ │   ├─┬ load-json-file@4.0.0
│ │ │   │ ├── graceful-fs@4.1.11 deduped
│ │ │   │ ├─┬ parse-json@4.0.0
│ │ │   │ │ ├─┬ error-ex@1.3.2
│ │ │   │ │ │ └── is-arrayish@0.2.1
│ │ │   │ │ └── json-parse-better-errors@1.0.2
│ │ │   │ ├── pify@3.0.0 deduped
│ │ │   │ └── strip-bom@3.0.0 deduped
│ │ │   ├─┬ normalize-package-data@2.4.0
│ │ │   │ ├── hosted-git-info@2.7.1
│ │ │   │ ├─┬ is-builtin-module@1.0.0
│ │ │   │ │ └── builtin-modules@1.1.1
│ │ │   │ ├── semver@5.5.0
│ │ │   │ └─┬ validate-npm-package-license@3.0.3
│ │ │   │   ├─┬ spdx-correct@3.0.0
│ │ │   │   │ ├── spdx-expression-parse@3.0.0 deduped
│ │ │   │   │ └── spdx-license-ids@3.0.0
│ │ │   │   └─┬ spdx-expression-parse@3.0.0
│ │ │   │     ├── spdx-exceptions@2.1.0
│ │ │   │     └── spdx-license-ids@3.0.0 deduped
│ │ │   └─┬ path-type@3.0.0
│ │ │     └── pify@3.0.0 deduped
│ │ └── require-main-filename@1.0.1
│ ├── uuid@3.3.2
│ ├─┬ yargs@11.1.0
│ │ ├─┬ cliui@4.1.0
│ │ │ ├── string-width@2.1.1 deduped
│ │ │ ├── strip-ansi@4.0.0 deduped
│ │ │ └─┬ wrap-ansi@2.1.0
│ │ │   ├─┬ string-width@1.0.2
│ │ │   │ ├── code-point-at@1.1.0
│ │ │   │ ├─┬ is-fullwidth-code-point@1.0.0
│ │ │   │ │ └── number-is-nan@1.0.1
│ │ │   │ └── strip-ansi@3.0.1 deduped
│ │ │   └─┬ strip-ansi@3.0.1
│ │ │     └── ansi-regex@2.1.1
│ │ ├── decamelize@1.2.0
│ │ ├─┬ find-up@2.1.0
│ │ │ └─┬ locate-path@2.0.0
│ │ │   ├─┬ p-locate@2.0.0
│ │ │   │ └─┬ p-limit@1.3.0
│ │ │   │   └── p-try@1.0.0
│ │ │   └── path-exists@3.0.0 deduped
│ │ ├── get-caller-file@1.0.3
│ │ ├─┬ os-locale@2.1.0
│ │ │ ├─┬ execa@0.7.0
│ │ │ │ ├─┬ cross-spawn@5.1.0
│ │ │ │ │ ├── lru-cache@4.1.3 deduped
│ │ │ │ │ ├─┬ shebang-command@1.2.0
│ │ │ │ │ │ └── shebang-regex@1.0.0
│ │ │ │ │ └── which@1.3.1 deduped
│ │ │ │ ├── get-stream@3.0.0
│ │ │ │ ├── is-stream@1.1.0
│ │ │ │ ├─┬ npm-run-path@2.0.2
│ │ │ │ │ └── path-key@2.0.1
│ │ │ │ ├── p-finally@1.0.0
│ │ │ │ ├── signal-exit@3.0.2 deduped
│ │ │ │ └── strip-eof@1.0.0
│ │ │ ├─┬ lcid@1.0.0
│ │ │ │ └── invert-kv@1.0.0
│ │ │ └─┬ mem@1.1.0
│ │ │   └── mimic-fn@1.2.0
│ │ ├── require-directory@2.1.1
│ │ ├── require-main-filename@1.0.1 deduped
│ │ ├── set-blocking@2.0.0
│ │ ├─┬ string-width@2.1.1
│ │ │ ├── is-fullwidth-code-point@2.0.0
│ │ │ └─┬ strip-ansi@4.0.0
│ │ │   └── ansi-regex@3.0.0
│ │ ├── which-module@2.0.0
│ │ ├── y18n@3.2.1
│ │ └── yargs-parser@9.0.2 deduped
│ └─┬ yargs-parser@9.0.2
│   └── camelcase@4.1.0
├─┬ request@2.88.0
│ ├── aws-sign2@0.7.0
│ ├── aws4@1.8.0
│ ├── caseless@0.12.0
│ ├─┬ combined-stream@1.0.7
│ │ └── delayed-stream@1.0.0
│ ├── extend@3.0.2
│ ├── forever-agent@0.6.1
│ ├─┬ form-data@2.3.3
│ │ ├── asynckit@0.4.0
│ │ ├── combined-stream@1.0.7 deduped
│ │ └── mime-types@2.1.21 deduped
│ ├─┬ har-validator@5.1.3
│ │ ├─┬ ajv@6.7.0
│ │ │ ├── fast-deep-equal@2.0.1
│ │ │ ├── fast-json-stable-stringify@2.0.0
│ │ │ ├── json-schema-traverse@0.4.1
│ │ │ └─┬ uri-js@4.2.2
│ │ │   └── punycode@2.1.1
│ │ └── har-schema@2.0.0
│ ├─┬ http-signature@1.2.0
│ │ ├── assert-plus@1.0.0
│ │ ├─┬ jsprim@1.4.1
│ │ │ ├── assert-plus@1.0.0 deduped
│ │ │ ├── extsprintf@1.3.0
│ │ │ ├── json-schema@0.2.3
│ │ │ └─┬ verror@1.10.0
│ │ │   ├── assert-plus@1.0.0 deduped
│ │ │   ├── core-util-is@1.0.2
│ │ │   └── extsprintf@1.3.0 deduped
│ │ └─┬ sshpk@1.16.1
│ │   ├─┬ asn1@0.2.4
│ │   │ └── safer-buffer@2.1.2 deduped
│ │   ├── assert-plus@1.0.0 deduped
│ │   ├─┬ bcrypt-pbkdf@1.0.2
│ │   │ └── tweetnacl@0.14.5 deduped
│ │   ├─┬ dashdash@1.14.1
│ │   │ └── assert-plus@1.0.0 deduped
│ │   ├─┬ ecc-jsbn@0.1.2
│ │   │ ├── jsbn@0.1.1 deduped
│ │   │ └── safer-buffer@2.1.2 deduped
│ │   ├─┬ getpass@0.1.7
│ │   │ └── assert-plus@1.0.0 deduped
│ │   ├── jsbn@0.1.1
│ │   ├── safer-buffer@2.1.2
│ │   └── tweetnacl@0.14.5
│ ├── is-typedarray@1.0.0
│ ├── isstream@0.1.2
│ ├── json-stringify-safe@5.0.1
│ ├─┬ mime-types@2.1.21
│ │ └── mime-db@1.37.0
│ ├── oauth-sign@0.9.0
│ ├── performance-now@2.1.0
│ ├── qs@6.5.2
│ ├── safe-buffer@5.1.2
│ ├─┬ tough-cookie@2.4.3
│ │ ├── psl@1.1.31
│ │ └── punycode@1.4.1
│ ├─┬ tunnel-agent@0.6.0
│ │ └── safe-buffer@5.1.2 deduped
│ └── uuid@3.3.2
├─┬ request-promise@4.2.2
│ ├── bluebird@3.5.3
│ ├─┬ request-promise-core@1.1.1
│ │ └── lodash@4.17.11
│ ├── stealthy-require@1.1.1
│ └── tough-cookie@2.4.3 deduped
├─┬ rest-architect@1.0.0 -> /home/snapwebsites/private/rest-architect/server/lib/rest-architect
│ ├─┬ easy-html-email@1.0.0 -> /home/snapwebsites/private/rest-architect/server/lib/easy-html-email
│ │ └── nodemailer@5.1.1
│ ├─┬ http-wrapper@1.0.0 -> /home/snapwebsites/private/rest-architect/server/lib/http-wrapper
│ │ ├── forward-emitter@0.1.1
│ │ └── unfig@1.0.0 -> /home/snapwebsites/private/rest-architect/server/lib/unfig deduped
│ ├─┬ murmurhash3@0.4.2
│ │ └── nan@2.12.1
│ └─┬ persistent-objects@1.0.0 -> /home/snapwebsites/private/rest-architect/server/lib/persistent-objects
│   ├─┬ bcrypt@3.0.3
│   │ ├── nan@2.12.1 deduped
│   │ └─┬ node-pre-gyp@0.12.0
│   │   ├── detect-libc@1.0.3
│   │   ├─┬ mkdirp@0.5.1
│   │   │ └── minimist@0.0.8
│   │   ├─┬ needle@2.2.4
│   │   │ ├─┬ debug@2.6.9
│   │   │ │ └── ms@2.0.0
│   │   │ ├─┬ iconv-lite@0.4.24
│   │   │ │ └── safer-buffer@2.1.2
│   │   │ └── sax@1.2.4
│   │   ├─┬ nopt@4.0.1
│   │   │ ├── abbrev@1.1.1
│   │   │ └─┬ osenv@0.1.5
│   │   │   ├── os-homedir@1.0.2
│   │   │   └── os-tmpdir@1.0.2
│   │   ├─┬ npm-packlist@1.1.12
│   │   │ ├─┬ ignore-walk@3.0.1
│   │   │ │ └─┬ minimatch@3.0.4
│   │   │ │   └─┬ brace-expansion@1.1.11
│   │   │ │     ├── balanced-match@1.0.0
│   │   │ │     └── concat-map@0.0.1
│   │   │ └── npm-bundled@1.0.5
│   │   ├─┬ npmlog@4.1.2
│   │   │ ├─┬ are-we-there-yet@1.1.5
│   │   │ │ ├── delegates@1.0.0
│   │   │ │ └─┬ readable-stream@2.3.5
│   │   │ │   ├── core-util-is@1.0.2
│   │   │ │   ├── inherits@2.0.3 deduped
│   │   │ │   ├── isarray@1.0.0
│   │   │ │   ├── process-nextick-args@2.0.0
│   │   │ │   ├── safe-buffer@5.1.1
│   │   │ │   ├─┬ string_decoder@1.0.3
│   │   │ │   │ └── safe-buffer@5.1.1 deduped
│   │   │ │   └── util-deprecate@1.0.2
│   │   │ ├── console-control-strings@1.1.0
│   │   │ ├─┬ gauge@2.7.4
│   │   │ │ ├── aproba@1.2.0
│   │   │ │ ├── console-control-strings@1.1.0 deduped
│   │   │ │ ├── has-unicode@2.0.1
│   │   │ │ ├── object-assign@4.1.1
│   │   │ │ ├── signal-exit@3.0.2
│   │   │ │ ├─┬ string-width@1.0.2
│   │   │ │ │ ├── code-point-at@1.1.0
│   │   │ │ │ ├─┬ is-fullwidth-code-point@1.0.0
│   │   │ │ │ │ └── number-is-nan@1.0.1
│   │   │ │ │ └── strip-ansi@3.0.1 deduped
│   │   │ │ ├─┬ strip-ansi@3.0.1
│   │   │ │ │ └── ansi-regex@2.1.1
│   │   │ │ └─┬ wide-align@1.1.3
│   │   │ │   └── string-width@1.0.2 deduped
│   │   │ └── set-blocking@2.0.0
│   │   ├─┬ rc@1.2.8
│   │   │ ├── deep-extend@0.6.0
│   │   │ ├── ini@1.3.5
│   │   │ ├── minimist@1.2.0
│   │   │ └── strip-json-comments@2.0.1
│   │   ├─┬ rimraf@2.6.2
│   │   │ └─┬ glob@7.1.2
│   │   │   ├── fs.realpath@1.0.0
│   │   │   ├─┬ inflight@1.0.6
│   │   │   │ ├── once@1.4.0 deduped
│   │   │   │ └── wrappy@1.0.2
│   │   │   ├── inherits@2.0.3
│   │   │   ├── minimatch@3.0.4 deduped
│   │   │   ├─┬ once@1.4.0
│   │   │   │ └── wrappy@1.0.2 deduped
│   │   │   └── path-is-absolute@1.0.1
│   │   ├── semver@5.6.0
│   │   └─┬ tar@4.4.8
│   │     ├── chownr@1.1.1
│   │     ├─┬ fs-minipass@1.2.5
│   │     │ └── minipass@2.3.4 deduped
│   │     ├─┬ minipass@2.3.4
│   │     │ ├── safe-buffer@5.1.2
│   │     │ └── yallist@3.0.2
│   │     ├─┬ minizlib@1.1.1
│   │     │ └── minipass@2.3.4 deduped
│   │     ├── mkdirp@0.5.1 deduped
│   │     ├── safe-buffer@5.1.2
│   │     └── yallist@3.0.2
│   ├── http-wrapper@1.0.0 -> /home/snapwebsites/private/rest-architect/server/lib/http-wrapper deduped
│   ├── mout@1.1.0
│   ├─┬ mysql@2.16.0
│   │ ├── bignumber.js@4.1.0
│   │ ├─┬ readable-stream@2.3.6
│   │ │ ├── core-util-is@1.0.2 deduped
│   │ │ ├── inherits@2.0.3 deduped
│   │ │ ├── isarray@1.0.0
│   │ │ ├── process-nextick-args@2.0.0
│   │ │ ├── safe-buffer@5.1.2 deduped
│   │ │ ├─┬ string_decoder@1.1.1
│   │ │ │ └── safe-buffer@5.1.2 deduped
│   │ │ └── util-deprecate@1.0.2
│   │ ├── safe-buffer@5.1.2 deduped
│   │ └── sqlstring@2.3.1
│   └── uuid@3.3.2 deduped
└─┬ unfig@1.0.0 -> /home/snapwebsites/private/rest-architect/server/lib/unfig
  └─┬ untainted@1.0.0 -> /home/snapwebsites/private/rest-architect/server/lib/untainted
    ├── file-type@10.7.1
    └── validator@10.11.0